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在检查不染色标本时由于细菌的折光性与周围环境的折光性相近，明暗对比不明显，相差显微镜可将光相的差异转换成光强度差，使细菌中的某些结构比其他部分深暗，形成鲜明的对比易于观察。主要用于不染色活细菌的形态及某些内部结构观察。