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内源性感染又称自身感染。病原体来自于病人自身储菌库(皮肤、口腔、泌尿生殖道、肠道)的正常菌群或外来的已定植菌。不易引起暴发流行。与病人的免疫力下降(基础疾病、免疫抑制剂的应用等)、体内生态环境失衡(长期大量使用抗生素)、细菌易位(诊疗操作)有关，不易预防和控制。