1．急性菌痢 需与急性阿米巴痢疾、细菌性胃肠型食物中毒及其他病原菌引起的急性肠道感染相鉴别。
(1)急性阿米巴痢疾
1)病原及流行病学阿米巴原虫，散发性。
2)全身症状多不发热，少有毒血症症状。
3)胃肠道症状腹痛轻，无里急后重，腹泻每日数次，多为右下腹压痛。
4)粪便检查量多，暗红色果酱样血便，有腥臭，镜检白细胞少，红细胞多，有夏-雷晶体，有溶组织阿米巴滋养体。
5)乙状结肠镜检查肠黏膜大多正常，有散在溃疡，边缘深切，周围有红晕。
(2)细菌性胃肠型食物中毒
1)由于进食细菌及毒素污染的食物引起，常见病原菌有沙门菌、变形杆菌、大肠杆菌及金黄色葡萄球菌等。
2)有集体进食同一食物及在同一潜伏期内集体发病的病史。
3)有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等急性胃肠炎表现，粪便多为稀水便、脓血便，里急后重少见。
4)确诊有赖于从患者呕吐物、粪便及可疑食物中检出同一病原菌。
(3)其他病原菌引起的肠道感染如侵袭性大肠杆菌、邻单胞菌、气单胞菌及空肠弯曲菌等，其临床表现与急性菌痢类似。诊断有赖于粪便培养出不同的病原菌。
(4)急性坏死性出血性肠炎此病多见于5N14岁的儿童，腹部透视和平片检查时，可见肠袢扩张、肠黏膜粗糙、肠壁增厚、肠间隙增宽、肠壁张力和蠕动减弱，肠腔积气有液平面。粪便培养多为大肠杆菌、克雷伯菌及梭形芽胞杆菌。
2．中毒型菌痢
(1)休克型 需与其他感染性休克鉴别，如败血症及暴发型流行性脑脊髓膜炎，亦均有发热及休克。血及粪便培养检出不同的致病菌。
(2)脑型 需与流行性乙型脑炎鉴别，多发生在夏秋季，均有发热、昏迷及惊厥。但乙脑病情发展较中毒型菌痢缓慢，以意识障碍为主，休克极少见。脑脊液检查有异常变化，除颅压增高外，有蛋白及白细胞数轻度增高，乙脑特异性IgM阳性。
3．慢性菌痢 需与下列疾病鉴别：
(1)结肠癌及直肠癌 有继发感染时可出现腹痛、腹泻及脓血便，用抗菌药物治疗后症状有所改善。但久治无效，伴进行性消瘦。肛门指诊及进一步做钡灌肠、乙状结肠镜或纤维结肠镜来协助诊断。
(2)慢性非特异性溃疡性结肠炎 亦有反复的腹泻及脓血便，但抗生素治疗无效。粪便培养无致病菌。乙状结肠或纤维结肠镜检查，见肠黏膜脆弱易出血，有散在溃疡。晚期患者钡灌肠X线检查，可见结肠袋消失呈铅管样改变。
(3)慢性血吸虫病有腹泻及脓血便。但有血吸虫病疫水接触史，肝脾肿大，直肠镜黏膜活检到血吸虫卵。

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