1．腺鼠疫应与下列疾病鉴别：
(1)急性淋巴结炎 此病有明显的外伤，常有淋巴管炎、全身症状轻。
(2)丝虫病的淋巴结肿 急性期，淋巴结炎与淋巴管炎常同时存在，数日后可自行消退，全身症状轻微，晚上血片检查可找到微丝蚴。
(3)兔热病 兔热病菌感染引起，全身症状轻，腺肿境界明显，可移动，皮色正常，无痛，无被迫体位，预后较好。
2．败血症型鼠疫需与其他原因所致败血症鉴别：
(1)钩端螺旋体病 钩端螺旋体感染所致的全身性疾病。早期临床表现为"三症状"（畏寒发热、全身乏力、肌痛）、"三体征"（眼结膜充血、腓肠肌压痛、淋巴结肿大）。
(2)肾综合征出血热 肾综合征出血热病毒感染所致的全身性疾病。临床特点为发热、皮肤粘膜出血、肾脏损害，血清肾综合征出血热病毒特异性抗体IgM阳性。
(3)流行性脑脊髓膜炎 皮肤粘膜淤斑、淤点，伴脑膜刺激征和颅内高压征。
3．肺鼠疫需与下列疾病鉴别：
(1)大叶性肺炎 青壮年多见，急性发热，咳嗽伴铁锈色痰，胸片可见大片阴影，抗生素治疗有效。
(2)肺炎支原体肺炎 较常见，占非细菌性肺炎的1/3以上，占所有肺炎的10%左右。通常起病较缓，临床表现较轻，发热、咽痛、肌痛。咳嗽，多为刺激性干咳，可有少量黏液痰。胸部体征多不明显，肺部听诊可有少量细湿啰音，偶有胸膜摩擦音及胸腔积液征。白细胞数正常或稍微偏高，中性粒细胞为主。血清抗支原体抗体IgM检测有助于诊断。
(3)肺炎衣原体肺炎 起病缓，病程长，一般症状轻，常伴咽、喉炎及鼻窦炎为其特点。上呼吸道感染症状消退后，出现干湿啰音等支气管炎、肺炎表现。咳嗽症状可持续3周以上，干咳少痰。白细胞计数正常，胸片无特异性，多为单侧下叶浸润，表现为节段性肺炎，严重者呈广泛双侧肺炎，但少见。特异性IgM抗体阳性。
(4)军团病 多见于夏秋季，早期发热、畏寒、乏力、肌痛等症状。随病情进展，症状加重，高热、寒战、头痛、胸痛，咳黏痰或血痰。重者可发生急性肺损伤或急性呼吸衰竭。较早出现其他器官功能损害，尤其容易出现急性肾功能衰竭。实验室检查白细胞升高，痰、胸腔积液、肺活检组织可分离出病原菌，血清抗体阳性有助于诊断。
(5)传染性非典型肺炎 急性起病，以发热为首发症状，伴或不伴有头痛、关节酸痛、全身酸痛、乏力等全身症状，咳嗽、胸闷、呼吸困难等呼吸道症状或腹泻等消化道症状，严重者可迅速出现急性呼吸窘迫综合征、呼吸衰竭。起病10日以后，血清抗SARS-CoV抗体IgG、IgM阳性有助于诊断。