1.消毒人员到达病家后，首先向病人家属做好解释工作。查对门牌号、患者姓名是否符合，了解发病日期、病人居室、活动场所及日常接触使用的物品等情况，并以此确定消毒的对象、范围及方法。
2．消毒前必须穿戴好隔离衣、帽、口罩、手套，备好防护用具，进行现场观察，了解污染情况，划分清洁区和污染区，禁止无关人员进入消毒区内，并按面积或体积、物品多少计算所配制的消毒药物量，并注意所用药物有效成分含量，保证配置药物的有效浓度。
3．在实施消毒前应由检验人员先对不同消毒对象采集样品，以了解消毒前污染情况。
4．将需集中消毒的污染衣服、床单等用品收集在一起进行处理（或放入大帆布袋或一次性塑料袋中送当地卫生防疫机构或消毒站消毒）。
5．房间消毒前，应先关闭门窗，保护好水源（盖好灶边井、水缸等），取出食物、厨具等，将未污染的衣物、被单等收叠储藏好。若为肠道传染病，应先灭室内苍蝇，然后再消毒。
6．患者的排泄物、呕吐物、分泌物、残余食物等，以及装前述污物的便器、痰盂、痰杯和用过的日常生活用品（食具、毛巾、抹布、牙刷、毛巾等，以及皮张、兽毛、奶制品等）应严格进行消毒。
7．消毒顺序 应按先外后内、先上后下、先清洁房间后污染严重的场所，依次对门、地面、家具、墙壁等进行喷雾消毒；呼吸道传染病重点做好空气消毒。
8．室内消毒完毕后，必须对其他污染处，如走廊、楼梯、厕所、下水道口等进行消毒。
9．室外环境或病人居住、工作的污染场所（如工厂、机关、学校等），应根据具体情况决定进行追踪消毒或指导上述单位医务室进行消毒。
10.托幼机构发生传染病应在当地卫生防疫机构监督指导下由有关单位或个人及时进行消毒，或由当地卫生防疫机构负责进行终末消毒；医疗单位的隔离消毒由医疗单位按上述原则进行。
11．将集中在现场消毒的物品，消毒好后交还病家，并告诉病人家属在60分钟后再进行清洗处理。
12.传染病院和综合医院的传染病房的消毒工作应参照本程序进行。
13.传染病病家随时消毒的要求 在接到患者诊断和原驻地隔离卡后，消毒人员应立即到病家指导随时消毒，必要时提供所需药品，并标明药品名称及使用方法。根据病种和病家具体情况应做到"三分开"和"六消毒"。"三分开"是：住室（条件不具备者可用布帘隔开，至少也要分床）、饮食、生活用具（包括餐具、洗漱用具、便盆、痰罐等）分开；"六消毒"是：消毒分泌物或排泄物、消毒生活用具、消毒双手、消毒衣服和被单、消毒患者居室、消毒生活污水。患者家属和护理人员除做好患者的随时消毒外，还应做好本人的卫生防护，特别是护理患者后要消毒双手。
14.对患传染病病人尸体的终末消毒按《中华人民共和国传染病防治法》第二十八条的规定进行。
15.消毒工作完毕后，应将所有的消毒工具进行消毒清洗，然后依次脱下隔离衣、帽、口罩（或其他防护用具），衣服折叠好，使脏的一面卷在里面，放入消毒专用袋中带回彻底消毒；最后消毒员应彻底清洗双手，消毒，并填写好工作记录表；消毒完毕60分钟后，检验人员再次采样，消毒人员应告诉病家在消毒后1～2小时左右，彻底通风和擦洗，然后消毒人员撤离。疫源地终末消毒效果应进行评价。
16.消毒操作注意事项
(1)对鼠疫、流行性出血热、疟疾、流行性斑疹、伤寒等传染病，除按上述要求消毒外，还必须作好杀灭媒介昆虫和灭鼠工作；参加鼠疫工作的消毒人员应穿着防鼠疫服，严格遵守操作规程和消毒制度，以防受到感染。必要时可口服抗生素预防，全套防鼠疫服包括：连体服、三角头巾、护目镜、防鼠疫纱布口罩或滤材口罩、乳胶手套、长筒胶靴和罩衫。其穿脱方法为：先穿连体服和长筒胶靴，戴好普通工作帽，再包头巾，使盖住头发、两耳和颈部，然后戴上口罩，在鼻翼两侧塞上棉花球；戴防护眼镜，再穿上罩衫，最后戴乳胶手套。
(2)根据传染病病原体的种类不同、消毒处理的对象不同、消毒现场的特点不同，选用恰当的消毒剂和合适的消毒方法；消毒药物必须在现场配制。
(3)消毒人员在消毒时不准吸烟、饮水、吃食物、随便走出疫区（点），并劝阻其他无关人员进入工作场所。
(4)消毒人员必须谨慎细心，不得损坏病家物品，凡须消毒的物品切无遗漏；必须将已消毒和未消毒物品严格分开堆放，以防反复污染。
(5)用气体熏蒸消毒时，必须使房间密闭，达到基本不漏气；要充分暴露需消毒的物品，物品要分散开，相互间要有空隙，以利药物扩散、接触；要控制消毒要求的温度、湿度及时间；食物及不耐腐蚀或怕沾染气味的物品要取出或盖严；用火加热时，必须严防火灾。
(6)压力蒸汽灭菌，煮沸消毒应达100℃，30分钟。