(1)功能性消化不良：指有消化不良症状而无溃疡、肿瘤及其他器质性病变者，可有上腹痛反酸、胃灼热，临床症状酷似消化性溃疡，但X线和胃镜检查可完全正常或只有轻度胃炎。
(2)卓-艾综合征：即促胃液素瘤，是胰腺非细胞瘤，能分泌大量促胃蛋白酶（促胃液素），刺激胃黏膜壁细胞分泌大量胃酸，使上消化道经常处于酸性环境，导致在不典型部位发生多发性、难治性溃疡，普通制酸药物疗效不好。空腹血清促胃液素常>500μmol/L可帮助诊断。
(3)胃癌：疼痛无规律，病程较短，进展较快，疗效差，胃镜和活检病理可鉴别。
(4)慢性胆囊炎和胆石症：疼痛位于右上腹，放射至背部，常与进食油腻有关，常伴发热和黄疸，易于鉴别。鉴别困难者可借助B超检查或内镜下逆行胆道造影检查。