脉冲电场电泳，电场方向呈周期性变化，DNA分子的迁移方向随着电场方向的周期性变化而不断改变，以适应凝胶孔隙的无规则变化，与相对分子质量较小的DNA相比，相对分子质量较大的DNA需要更多的脉冲次数来更换其构型和方位，使其按新的方向游动。应用脉冲电场凝胶电泳技术，可成功分离到高达107bp的DNA大分子。