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HBeAg在乙型肝炎潜伏期的后期出现，并且HBeAg的存在可作为体内有HBV复制及血清具有传染性的指标，HBeAg可刺激机体产生抗-HBe，抗-HBe能与受染肝细胞表面的HBeAg结合，通过补体介导破坏受染的肝细胞，对HBV感染有一定的保护作用。