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通常国民经济评价的结论与财务评价的结论是一致的，但基于财务评价和国民经济评价的区别，也有两种评价结论发生冲突的情况。当冲突产生时应用以下相应的抉择原则。1、对于财务评价结论和国民经济评价结论均可行的建设项目，可予以通过；反之，应予以否定。2、对于国民经济评价结论为不可行的项目，一般予以否定。3、对于涉及公共利益、国家安全和市场不能有效配置资源的经济方案和社会发展的项目，如果国民经济评价结论为可行，但财务评价结论为不可行，应重新考虑方案，必要时可提出经济优惠措施的建议，使项目具有财务生存能力。