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功能性矫治的治疗程，序中包含有咬合重建一步骤，根据设计方案，从矢状、垂直和横向三维设计下颌的新位置，并用蜡完成位记录，然后将牙模通过蜡转移至架，在这一新的位置关系上制作矫治器，功能性矫治过程中希望下颌在该位置上建立新的关系。