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笼养蛋鸡疲劳综合征是由于矿物质代谢障碍引起的营养代谢性疾病，主要发病原因有饲料中钙缺乏、过早使用蛋鸡料、钙磷比例不当、维生素D缺乏、缺乏运动、光照不足等。因此，笼养蛋鸡疲劳综合征的病因不包括维生素E缺乏。