环磷酰胺不良反应：骨髓抑制，主要为白细胞减少。泌尿道症状主要来自化学性膀胱炎，如尿频、尿急、膀胱尿感强烈、血尿，甚至排尿困难。应多饮水，增加尿量以减轻症状。消化系统症状有恶心、呕吐及厌食，静脉注射或口服均可发生，静脉注射大量后3～4小时即可出现。长期应用，男性可致睾丸萎缩及精子缺乏；妇女可致闭经、卵巢纤维化或致畸胎。孕妇慎用。偶可影响肝功能，出现黄疸及凝血酶原减少。常见的皮肤症状有脱发。