微波疗法的注意事项为工作人员及患者不能直接看辐射器，以免损伤眼睛；治疗头、肩、胸部应戴特制眼罩(用金属丝做成)保护眼睛；微波对成长中的骨组织有损害，能破坏骨骺，因此，成长中的骨骺及骨痂未形成前，不宜在该局部辐射；睾丸组织对微波比较敏感，辐射后可影响精子生成过程，故不宜照射；不可照射在贴敷的中草药或潮湿的绷带处；不要照射缺血或水肿的组织太久，否则会导致过热。