棘阿米巴有滋养体和包囊两种形式，滋养体以细菌为食，二分裂繁殖，环境不适宜时，形成包囊。棘阿米巴对一般抗菌药物、氯化物、化学消毒剂、HO等均不敏感。角膜轻微外伤后接触污染棘阿米巴的水后，阿米巴即通过上皮缺损处侵入致病。最初可类似单纯疱疹病毒性角膜炎，上皮呈树枝状浸润或上皮细小浑浊，可逐渐发展到地图状上皮缺损，继续进展可侵入角膜基质层，为角膜旁中心的环形浸润，直至弥散性化脓性角膜溃疡，后弹力膜膨出，角膜穿孔。其病原学诊断可做病灶刮片。