孤立性内生软骨瘤的治疗应视有否症状而定。若局部疼痛，压迫周围血管或神经，影响关节功能，则可考虑手术切除。一般手术方法是局部刮除，并在空腔内植入自体或异体骨。对复发患者应考虑作较彻底手术，这将根据发病部位和是否有恶变来决定。有些部位可考虑行节段性切除，再加上大块植骨。恶变的内生软骨瘤也可用微波灭活加植骨术。