HLA复合体位于第6号染色体上，内含数十个基因位点。根据各位点基因及其编码产物结构和功能的不同，可将HLA复合体基因分为三个区域，即工类、Ⅱ类和Ⅲ类基因区。HLA-Ⅰ类基因区内含经典HLA-A、B、C三个基因位点，Ⅰ类基因编码HLA-Ⅰ类分子的重链；HLA-Ⅱ类基因区内含HLA-DP、DQ、DR三个基因位点，Ⅱ类基因编码HLA-Ⅱ类分子；HLA-Ⅲ类基因区介于Ⅰ类与Ⅱ类基因之间，内含6种以上编码血清物质的基因。