米索前列醇主要用于胃及十二指肠溃疡。对十二指肠溃疡，口服本品4周后愈合率为54%，疗效略低于西咪替丁，但本品在保护胃黏膜不受损害方面比西咪替丁更有效。预防因使用非甾体消炎药所致的胃肠道溃疡。与抗孕激素药物米非司酮序贯应用，用于终止停经49天以内的早期妊娠。