直接法比较简单，此法每种荧光抗体只能检查一种相应的抗原，特异性高而敏感性较低。间接法不用标记第一抗体，只需制备一种荧光抗体可以检出多种抗原，敏感性较高，操作方法较易掌握，而且能解决一些不易制备动物免疫血清的病原体（如麻疹）等的研究和检查，应用更广泛。