酶促标记法是最常用的标记方法，可更好地修饰DNA，产生比化学标记法高的敏感性，其缺点是操作较复杂、产量低、成本高。化学标记法简便、快速、标记均匀。从这两大类标记方法已分别衍生出多种标记方法，应根据不同的需要进行选择，各种标记方法最终分别产生均匀标记的探针或末端标记的探针。均匀标记的探针由于每个核酸分子中掺入很多标记的dNTP，因而比末端标记的探针有更高的活性。均匀标记的探针常用于杂交分析，而末端标记的探针主要用于DNA测序。