蛋白质水解得到的氨基酸都是α-氨基酸(脯氨酸为α-亚氨基酸)，即在连接羧基的α-碳原子上还有一个氨基。不同氨基酸的侧链基团不同。除了甘氨酸的侧链为H以外，其他氨基酸与α-碳原子相连的4个原子或基团各不相同，所以具有旋光异构现象。组成蛋白质的氨基酸除甘氨酸外都是L-α-氨基酸。