（1）根据《招标投标法》第十一条规定，省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目中不适宜公开招标的项目，要经过省、自治区、直辖市人民政府批准，方可进行邀请招标。因此，本案业主自行对省重点水利工程项目决定采取邀请招标的做法是不妥的。（2）根据《招标投标法》第二十八条规定，在招标文件要求提交投标文件的截止时间后送达的投标文件，招标人应当拒收。本案C企业的投标文件送达时间迟于投标截止时间，因此该投标文件应被拒收。根据《招标投标法》和《评标委员会和评标方法暂行规定》，投标文件若没有法定代表人签字和加盖公章，则属于重大偏差。本案E企业投标文件没有法定代表人签字，项目经理也未获得委托人授权书，无权代表本企业投标签字，尽管有单位公章，仍属存在重大偏差，应作无效标处理。（3）根据《招标投标法》第三十四条规定，开标应当在投标文件确定的提交投标文件的截止时间公开进行，本案招标文件规定的投标截止时间是2004年10月18日下午4时，但迟至2004年10月21日下午才开标，是不妥之处一。根据《招标投标法》第三十五条规定，开标应由招标人主持，本案由属于行政监督部门的当地招投标监督管理办公室主持，是不妥之处二。（4）根据《招标投标法》和《评标委员会和评标方法暂行规定》，评标委员会由招标人或其委托的招标代理机构熟悉相关业务的代表，以及有关技术、经济等方面的专家，并规定项目主管部门或者行政监督部门的人员不得担任评标委员会委员。一般而言公证处人员不熟悉工程项目相关业务，当地招投标监督管理办公室属于行政监督部门，显然招投标监督管理办公室人员和公证处人员担任评标委员会成员是不妥的。《招标投标法》还规定评标委员会技术、经济等方面的专家不得少于成员总数的2/3。本例技术、经济等方面的专家比例为4/7，低于规定的比例要求。（5）根据《招标投标法》第四十一条规定，中标人应当是综合评分最高或投标价最低的投标人。本案中B企业综合评分是第一名应当中标，以B企业投标报价高于A企业为由，让A企业中标是违规的。（6）《招标投标法》第四十六条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30天内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，本案2004年11月10日发出中标通知书，迟至2004年12月12日才签订书面合同，两者的时间间隔已超过30天，违反了《招标投标法》的相关规定。