70%~95%急性扁桃体炎由病毒感染所致，不同年龄段人群易感染的病原体不同。儿童常见的主要是腺病毒、甲型和乙型流感病毒、副流感病毒、EB病毒和肠病毒（包括柯萨奇病毒），鼻病毒或呼吸道合胞病毒较少见。在成人中，高达50%的轻度扁桃体炎由鼻病毒或冠状病毒引起；腺病毒也可能引起相关的扁桃体炎，甚至有脓性渗出物。20%~30%免疫功能正常儿童的急性扁桃体炎由细菌引起，最主要的病原体均是A组B溶血性链球菌，即化脓性链球菌。