慢性肾小球肾炎（慢性肾炎）是各种病因引起的不同病理类型的以蛋白尿、血尿、高血压、水肿伴缓慢肾功能减退为临床特点的一组原发性肾小球疾病的总称。慢性肾盂肾炎是细菌感染肾脏引起的慢性炎症，病变主要侵犯肾间质和肾盂、肾盏组织，由于炎症的持续进行或反复发生导致肾间质、肾盂、肾盏的损害，形成疤痕，以致肾发生萎缩和出现功能障碍。它们的鉴别可从以下几方面考虑：
(1)病史有反复尿路感染病史，有尿频、尿痛、腰痛等症状，有助于慢性肾盂肾炎的诊断。
(2)尿液检查如尿白细胞增多明显，甚至有白细胞管型，尿细菌培养阳性，有助于慢性肾盂肾炎的诊断。而慢性肾炎以尿中反复出现尿蛋白为主。
(3)影像学检查如B超示双侧肾脏不对称缩小，静脉肾盂造影发现肾有疤痕变形，呈杵状扩张，或肾影两侧不对称；放射性核素肾图检查示双侧肾功能损害差别较大（以一侧为甚），均提示慢性肾盂肾炎。
(4)慢性肾盂肾炎患者的肾功能损害以肾小管为主，尿蛋白具有肾小管性蛋白（小相对分子质量蛋白）的特征，可有高氯酸中毒、低磷性肾性骨病等，而氮质血症或尿毒症较轻，且进展缓慢。
(5)当慢性肾炎合并感染时，用抗生素治疗后尿检改变和氮质血症虽也会好转，但慢性肾炎的症状仍然存在，而慢性肾盂肾炎则症状会基本消失，可做鉴别。