人体正常菌群绝大部分是厌氧菌，有生物拮抗、营养作用、免疫作用、抗衰老作用，并不包括升高胆固醇。肠道中的如双歧杆菌、乳酸杆菌、大肠埃希菌等能合成多种人体必需的维生素。正常菌群在宿主体内的正常寄居可以妨碍或抵御致病微生物的侵入与繁殖，对宿主起着保护作用。