酶按分子组成分为单纯酶和结合酶。单纯酶仅由氨基酸残基构成；结合酶由蛋白质和非蛋白质组成，全酶=酶蛋白+辅助因子。辅助因子包括小分子有机化合物和金属离子。辅酶与酶蛋白以非共价键疏松结合，可用透析等简单方法分离；辅基与酶蛋白以共价键牢固结合，不能用透析等简单方法分离。辅助因子参与酶的催化过程，在反应中传递电子、质子或一些基团。