在医院中严重的是移位菌群失调，即正常菌群由原籍生境转移到外籍生境或本来无菌的部位定植或定居，如大肠中的大肠埃希菌、铜绿假单胞菌转移到呼吸道或泌尿道定居。其原因多为不适当地使用抗生素，即该部位的正常菌群被抗生素抑制或消灭，从而为外来菌或过路菌提供了生存的空间和定植的条件。