粪便中细菌约占干重的1/3，粪便中球菌(革兰阳性菌)和杆菌(革兰阴性菌)的比例大致为1：10。通常情况下微生物、宿主和外界环境三者保持着一种生态平衡关系。如三者出现生态失调，称为菌群失调，常出现在人体抵抗力降低的情况下，如瘦弱婴幼儿，年老体弱和患急、慢性疾病者，以及长期、大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、肾上腺皮质激素、抗肿瘤药物和放射治疗者，尤其是应用广谱抗生素者。