普通显微镜最大分辨率为0.2μm，最大放大倍数为1000倍，常用来观察细菌的大小、形态及细菌的荚膜、芽胞和鞭毛等。暗视野显微镜用来观察不染色活菌体的运动。倒置显微镜主要应用于生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。照相显微镜用于将具有研究特征的组织拍摄下来，利于长时间保存和研究。而荧光显微镜可以检查已被荧光素着色的菌体的不同结构成分及抗原与特异性抗体结合形成复合物。