小分子物质（如药物、激素等）的标记主要是通过耦联反应制备；生物大分子的标记是利用交联剂使标志物与被标志物分子结构中游离的氨基、硫氢基、羟基等基团形成不可逆的连接。常用的标记方法有：碳二亚胺缩合法、过碘酸钠氧化法、重氮盐耦联法、N-羟基琥珀酰亚胺活化法。