葡萄球菌作为正常菌群而金黄色葡萄球菌则为主要致病菌，在创伤、医源性感染以及免疫功能低下时引起疾病，所致疾病有侵袭性和毒素性两种类型。侵袭性疾病局部感染有疖、痈、毛囊炎、蜂窝织炎和伤口化脓等，还可引起气管炎、肺炎、脓胸和中耳炎等；全身感染如败血症和脓毒血症等。毒素性疾病有食物中毒、烫伤样皮肤综合征、假膜性肠炎、毒性休克综合征等。