原则上不同感染疾病和疾病的不同时间应采集不同的标本，如脑脊髓膜炎患者取脑脊液；取菌时尽量避免杂菌污染；标本的采集应在使用抗菌药物之前，病变部位不要使用化学消毒剂；某些细菌因对环境变化较敏感，易于死亡，故应尽快送检，例如脑膜炎奈瑟菌和淋病奈瑟菌等，标本应尽量保持新鲜，及时送检或床边接种(其余细菌大多需低温运送)。