晓虫成虫主要寄生于人体小肠末段、盲肠和结肠，可异位寄生于阴道、尿道等部位。一般不在或很少在消化道内产卵，而是多在夜间移行到宿主肛门周围产卵，故粪便检查难以查到虫卵。晓虫病的诊断常用肛门棉签拭子法或透明胶纸拭肛法查虫卵，或在肛门周围发现虫体后进行鉴定。