分析选项 A：骨半规管、前庭和耳蜗都属于内耳的结构，内耳只是前庭蜗器的一部分，不能代表整个前庭蜗器，所以选项 A 错误。
分析选项 B：鼓室、乳突小房和咽鼓管都属于中耳的结构，中耳同样只是前庭蜗器的一部分，不能涵盖全部，所以选项 B 错误。
分析选项 C：外耳道、鼓膜属于外耳的结构，咽鼓管属于中耳的结构，这只是部分前庭蜗器的结构，并非完整的前庭蜗器，所以选项 C 错误。
分析选项 D：前庭蜗器又称为耳，包括外耳、中耳和内耳三部分。外耳收集声波，中耳传导声波，内耳含有听觉感受器和位觉感受器，它们共同构成了完整的前庭蜗器，所以选项 D 正确。
分析选项 E：膜半规管、椭圆囊和球囊都属于内耳的膜迷路结构，只是内耳的一部分，不能代表整个前庭蜗器，所以选项 E 错误。
综上，前庭蜗器包括外耳、中耳和内耳，正确答案是 D。