首先明确扁骨的定义和特点：
扁骨呈板状，主要构成颅腔、胸腔和盆腔的壁，起保护作用，同时扁骨也为肌肉附着提供了宽阔的骨面。
然后分析各选项：
选项 A：颅骨大多为扁骨，如顶骨、额骨、枕骨等，它们共同围成颅腔，保护脑，属于扁骨，该选项不符合题意。
选项 B：胸骨是位于胸前壁正中的扁骨，参与构成胸廓，保护胸腔内的器官，属于扁骨，该选项不符合题意。
选项 C：肋骨是细长的扁骨，左右各 12 对，与胸骨和胸椎共同构成胸廓，对胸腔脏器起保护作用，属于扁骨，该选项不符合题意。
选项 D：肩胛骨为三角形的扁骨，贴于胸廓的后外侧，为肌肉附着提供了较大的面积，属于扁骨，该选项不符合题意。
选项 E：股骨是人体最长的管状骨，位于大腿部，是典型的长骨，主要起支持和运动的作用，不属于扁骨，该选项符合题意。长骨呈长管状，分为一体两端，一体又称骨干，内有骨髓腔，两端膨大，分别称为骺，骺的表面有关节面。
综上，不属于扁骨的是股骨，正确答案是 E。