问题 1，因果分析图如下：
问题 2：
不妥 1，施工项目经理将组织编写的专项施工方案直接报送项目监理机构。
正确做法：项目经理应将深基坑专项施工方案报送给施工单位技术、安全管理部门，施工单位应当组织专家进行论证、审查，经过专家审查的专项施工方案需经施工单位技术负责人签字，附安全验算结果和专家审查意见，报送监理机构审查。
不妥 2，专项施工方案报送项目监理机构审核的同时，即开始组织基抗开挖;
正确做法：专项施工方案经总监理工程师签字后方可实施。建设工程施工前，施工单位负责项目管理的技术人员应当对有关安全施工的技术要求向施工作业班组、作业人员作出详细说明，并由双方签字确认。施工时由专职安全生产管理人员进行现场监督。
问题 3:
不妥 1，项目监理机构收到修改的设计文件后，立即要求施工单位据此安排施工;
不妥 2，项目监理机构在施工前组织了设计交底;
项目监理机构可按下列程序处理施工单位提出的工程变更：
1、总监理工程师组织专业监理工程师审查施工单位提出的工程变更申请，提出审查意见。对涉及工程设计文件修改的工程变更，应由建设单位转交原设计单位修改工程设计文件。必要时，项目监理机构应建议建设单位组织设计、施工等单位召开论证工程设计文件的修改方案的专题会议。
2、总监理工程师组织专业监理工程师对工程变更费用及工期影响作出评估。
3、总监理工程师组织建设单位、施工单位等共同协商确定工程变更费用及工期变化，会签工程变更单。
4、项目监理机构根据批准的工程变更文件监督施工单位实施工程变更。
问题 4：
(1)建设单位立即指令施工单位暂停施工的做法不妥。
理由：按照合同约定和《建设工程监理规范》规定，在建设工程监理工作范围内，建设单位与施工单位之间涉及施工合同的联系活动，应通过工程监理单位进行。对进场材料质量有怀疑，没有达到需要暂停施工的条件。
(2)应批准施工单位提出的索赔申请。
理由：按照合同约定和《建设工程工程量清单计价规范》要求，对发包人要求检测承包人已具有合格证明的材料、工程设备，但经检测证明该项材料、工程设备符合合同约定的质量标准，发包人应承担由此增加的费用和(或)工期延误，并向承包人支付合理利润。