以下疾病需与肺脓肿鉴别。（1）细菌性肺炎急性肺脓肿初期症状及X线表现常与细菌性肺炎相似，主要鉴别点：常见肺炎多呈稽留热，易有铁锈样痰，X线多为段叶性肺实变影，病程较短。而肺脓肿常呈驰张热、大量脓臭痰，X线易见空腔和液平，病程长，脓肿吸收多在8周以上。（2）肺结核空洞?好发部位有时与肺脓肿相似，尤当继发感染时也有毒血症状和较多脓痰，易误诊为肺脓肿，其不同点有结核病起病缓慢，且有结核中毒症状，痰较少无臭味，易有咯血，X线所见空洞多无液平，其周围常有结核卫星病灶，反复查痰可见出结核杆菌。（3）支气管肺癌较大癌肿因中心坏死液化可形成癌性空洞，或癌肿阻塞支气管其远端可发生肺脓肿，均需与原发吸入性肺脓肿相鉴别。不同点为肺癌无明显毒血症状；X线所见空洞呈偏心，无液平，洞内凹凸不平，周边有分叶、脐凹征和细毛刺征、周围炎症不明显均为肺癌的特征；纤维支气管镜及病理细胞学检查可确诊。（4）支气管肺囊肿?当继发感染时可出现发热、多量脓痰和病灶内液平易误诊为肺脓肿。但感染中毒症状及病灶周围炎症反应较轻。感染控制后可显露出边缘光滑的薄壁囊腔特征，若有既往胸片对照则更易鉴别。（5）支气管扩张是由于支气管及其周围肺组织慢性化脓性炎症和纤维化，使支气管壁的肌肉和弹性组织破坏，导致支气管变形及持久扩张。典型的症状有慢性咳嗽、咳大量脓痰和反复咯血。