甲型H1N1病毒属于正粘病毒科，甲型流感病毒属），其遗传物质为RNA。典型病毒颗粒呈球状，直径为80nm～120nm，有囊膜。囊膜上有许多放射状排列的突起糖蛋白，分别是血凝素HA、神经氨酸酶NA和M2蛋白。病毒颗粒内为核衣壳，呈螺旋状对称，直径为10nm。猪流感病毒为单股负链RNA病毒，基因组约为13.6kb，由大小不等的8个独立片段组成。尽管不同亚型之间可以组成很多种流感病毒血清型，但是可造成人感染猪流感病毒的血清型主要有H1N1、H1N2和H3N2。