样本的采集是细菌学诊断的第一步，直接关系到检验结果的正确性或可靠性。为此，采集样本应：①严格无菌操作，尽量避免标本被杂菌污染；②根据不同疾病或同一疾病不同时期采集不同的标本；③应在使用抗菌药物前采集样本，采集局部不得使用消毒剂，必要时用无菌生理盐水冲洗，拭干后再取材；④样本必须新鲜，尽快送检；⑤根据病原菌特点，多数病原菌可冷藏送输，粪便样本常加入甘油缓冲盐水保存液；⑥对疑似烈性传染病或人畜共患病标本，严格按相关的生物安全规定包装、冷藏、专人递送；⑦样本应做好标记，并在相应检验单中详细填写检验目的、样本种类、临诊诊断初步结果等。