设计绩效管理系统(体系)可以按照"准备工作、指标体系设计、运作体系设计、结果应用体系设计、制度设计、方案实施"等步骤进行。运用平衡计分卡设计绩效管理系统，主要体现在运用平衡计分卡的理论，进行企业KPI指标体系的设计。其主要程序是：
(1)建立企业的愿景与战略。企业的愿景与战略要简单明了，并对每一部门均具有意义，使每一部门可以采用一些业绩衡量指标去完成企业的愿景与战略。
(2)围绕企业的愿景和战略，从财务、客户、内部流程、学习与成长四个方面设计企业平衡计分卡，即从平衡计分卡的角度设计企业层面的KPI。
(3)利用战略地图、任务分工矩阵等工具设计部门与班组级平衡计分卡，即企业下属组织单位的平衡计分卡。
(4)设计岗位(个人)的平衡计分卡。
(5)将企业、部门、班组、个人的平衡计分卡进行汇总，组成体系，即从平衡计分卡的角度建立企业的KPI库。