左、右心室活检的并发症大致相同，经颈内静脉途径或股静脉途径行右心室活检并发症较多，但经股动脉行左心室活检的并发症更严重，而右心室活检的心脏压塞概率多于左心室活检。对先天性心脏病有缺损致左向右或右向左分流者，应避免做右心室心内膜活检，以防造成矛盾性体循环栓塞。