普通水平电泳制备染色体DNA酶切图谱时，DNA电泳迁移率的对数与凝胶浓度成线性关系，分离<0.5kb的DNA片段所需胶浓度是1.2%～1.5%，分离>10kb的DNA分子所需胶浓度为0.3%～0.7%。在低电压时，线状DNA片段的迁移速率与所加电压成正比。电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。要使>2kb的DNA片段的分辨率达到最大，所加电压不得超过5V/cm。