低电压时，线状DNA片段的电泳迁移率与所加的电压成正比，随电场强度增加，高分子量的DNA片段的迁移率将以不同的幅度增加，使凝胶的有效分离范围缩小。如果电场呈周期性变化，各种分子量的DNA片段为适应新的电场变化所需的时间将不同，分子量越大，则所需的时间越多。因此可以通过脉冲电场凝胶电泳分离极大片段的DNA。