原发性脑干损伤的治疗与严重脑挫裂伤的治疗基本相同。对轻症脑干损伤，经治疗后能使部分可逆性损伤患者获救，但重症脑干损伤则疗效甚差。其主要治疗措施包括入ICU进行监护治疗，有条件者可行颅内压监护；尽早行气管切开术，以确保呼吸道通畅；可行亚低温冬眠治疗，积极防治各种并发症；使用类固醇激素及神经营养药物等。原发脑干损伤患者不适合行开颅去骨瓣减压手术。