职能式组织结构的优点是强调管理业务的专门化，能够发挥职能部门专业管理作用，减轻上层主管人员负担。但其缺点是容易形成多头领导，妨碍了组织必要的集中领导和统一指挥，使下级执行者接受多方指令。如果上级指令相互矛盾，将使下级无所适从。矩阵式组织结构的缺点是组织机构经常变动，稳定性差，尤其是业务人员的工作岗位频繁调动；由于实行纵向、横向双重领导，处理不当会产生意见分歧而造成工作中的扯皮现象和矛盾；组织关系较复杂，对项目负责人的要求较高。因此职能式和矩阵式组织结构容易形成多头领导。