1.在上述招标投标程序中，不妥之处如下：
(1)在公开招标中，对省内的投标人与省外的投标人提出了不同的要求。因为公开招标应当平等地对待所有的投标人，不允许对不同的投标人提出不同的要求。
(2)提交投标文件的截止时间与举行开标会的时间不是同一时间。按照《招标投标法》的规定，开标应当在招标文件确定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行。
(3)开标不应由该省住房城乡建设主管部门人员主持。开标会应当由招标人或者招标代理人主持，省住房城乡建设主管部]作为行政管理机关只能监督招标活动，不能作为开标会的主持人。
(4)中标书在开标三个月后直未能发出。评标工作不宜久拖不决，如果在评标中出现无法克服的困难，应当及早采取其他措施(如宣布招标失败)
(5)更改中标金额和工程结算方式，确定某省某公司为中标单位。如果不宣布招标失败，则招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
2.E单位的投标文件应当被认为是无效投标而拒绝。因为投标保证金是投标文件的组成部分，因此，对于末能按照要求提交投标保证金的投标(包括期限) ,招标单位将被视为不响应投标而予以拒绝。
3.对D单位撤回投标文件的要求，应当没收其投标保证金。因为，投标行为是一种要约，在投标有效期内撤回其投标文件的，应当视为违约行为。因此，招标单位可以没收D单位的投标保证金。
4.问题久拖不决后，该医院可以要求重新进行招标，理由如下：
(1)一个工程只能编制一个标底。如果在开标后(即标底公开后)再复核标底，将导致具体的评标条件发生变化，实际上属于招标单位的评标准备工作不够充分。
(2)问题久拖不决，使得各方面的条件发生变化，再按照最初招标文件中设定的条件订立合同是不公平的。
5.如果重新进行招标，给投标人造成的损失不能要求该医院赔偿。虽然重新招标是由于招标人的准备工作不够充分导致的，但并非属于欺诈等违反诚实信用的行为。而招标在合同订立中仅仅是要约邀请，对招标人不具有合同意义上的约束力，招标并不能保证投标人中标，投标的费用应当由投标人自己承担。