参与三羧酸循环的酶主要位于线粒体内，只有琥珀酸脱氢酶是与线粒体内膜结合的酶。Ca2+可激活异柠檬酸脱氢酶、α-酮戊二酸脱氢酶等三羧酸循环中的酶。当NADH/NAD+比值增高时可反馈抑制上述三羧酸循环中的酶。血糖浓度低时，糖氧化不足，体内ATP浓度低，而ADP、AMP浓度高，则三羧酸循环的酶及糖有氧氧化的酶均被激活。氧化磷酸化的速率对三羧酸循环的运转起着非常重要的作用，主要通过NADH/NAD+、ATP/ADP、AMP等来抑制/激活三羧酸循环中的酶。