本题考查主管税务机关调整应纳税额。纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核对其应纳税额：①依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；②依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置账簿的：因此D选项正确；③擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；因此AB选项正确；④虽设置账簿，但账目混乱或成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的：因此C选项正确；⑤发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；⑥纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。故此题正确答案为ABCD。