本题考查土地增值税的税收优惠。
A选项，因国家建设需要而被依法征用、收回的房地产，免征土地增值税，所以A选项正确；
B选项，以房地产抵债而发生房地产产权转让的，属于土地增值税的范围，所以B选项错误；
C选项，土地使用者转让土地，发生了相关的经济利益的，要按照规定缴纳土地增值税，所以国家机关转让自用房产，要按照规定缴纳土地增值税。所以C选项错误；
D选项，房地产公司建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税，所以D选项错误。
故此题正确答案为A。