细胞凋亡是多步骤机制作用的最终环节，是细胞内源性核酸内切酶的激活而导致核染色质DNA双链的断裂。大量DNA断片暴露出的3′羟基在末端转移酶（TDT）或DNA多聚酶的作用下，与生物素或地高辛标记的核苷酸结合，最终借助卵白素或抗地高辛抗体结合的荧光素或辣根过氧化物酶，使凋亡细胞被特异性地标记和显示出来。