天然产物化学成分的生物合成中二次代谢主要途径包括：醋酸一丙二酸途径或聚醋酸途径，形成如脂肪酸类、酚类、蒽醌类等由C2单位构成的化合物；甲戊二羟酸途径，形成如萜类化合物等；莽草酸途径，形成苯丙素类或者C6-C3类化合物；氨基酸途径，化合物经由丙酮酸型化合物还原、氨基化生成，大多数生物碱类由此途径生成；以及复合途径等。